Евгений Михайлович Жуков родился 10 (23) октября 1907 г. в Варшаве в семье учителя средней школы.

Е.М. Жуков дважды прерывал учебу в школе, работая конторщиком в Уездном продовольственном комитете г. Волчанска Харьковской области (1920-1921) и в детском санатории им. А.А. Боброва в г. Алупка в Крыму (1921-1922).

В 1922 г. семья переехала в Ленинград и в 1924 г. Е.М. Жуков, окончив 125-ю среднюю школу, поступил на японское отделение Ленинградского восточного института (1924-1927). Среди его учителей были видные востоковеды В.М. Алексеев, В.В. Бартольд, Н.И. Конрад, И.Ю. Крачковский, В.А. Ольдерогге.

В 1928 г. Е.М. Жуков был командирован в Японию для знакомства со страной, совершенствования в японском языке, сбора материалов по истории этой страны. После возвращения из командировки в 1929 г. он поступил в аспирантуру Института востоковедения АН СССР и одновременно преподавал историю Японии в Ленинградском государственном университете и Историко-лингвистическом институте (1929-1932).

Склонность Е.М. Жукова к аналитической работе и знание нескольких иностранных языков сыграли свою роль. В 1932-1933 гг. он был зачислен штатным сотрудником ленинградского Объединенного государственного политического управления (ОГПУ).

В 1933 г. Е.М. Жуков переехал в Москву, которую с этого времени уже не покидал, и продолжил свою научную деятельность. В 1934 г. в книге «Очерки по истории Востока в эпоху империализма» была опубликована его глава о Японии. В 1935 г. ему была присвоена степень кандидата исторических наук. В 1939 г. из печати вышла книга Е.М. Жукова «История Японии. Краткий очерк», которая стала первым обобщающим исследованием на эту тему в Советском Союзе.

После переезда в Москву Е.М. Жуков перешел на работу в аппарат в аппарате ЦК ВКП(б), а в 1937-1939 гг. опять работал в НКВД, уже в центральном аппарате.

В 1939-1941 гг. Е.М. Жуков – старший научный сотрудник Института истории АН СССР, преподаватель Московского института истории, философии и литературы, Московского государственного университета и Высшей дипломатической школы. С 1941 г. он одновременно являлся научным сотрудником Тихоокеанского института АН СССР, в котором заведовал отделом стран Азии, а в 1943-1950 гг. возглавлял институт.

В феврале 1941 г. Е.М. Жуков защитил докторскую диссертацию по истории японского милитаризма в Институте истории АН СССР. В 1941-1943 гг. он работал в Комитете по радиовещанию при СНК СССР, где заведовал отделом вещания за границу, а затем был назначен заместителем председателя Комитета.

Параллельно в 1944-1946 гг. Е.М. Жуков преподавал в МГУ – доцент, профессор, заведующий кафедрой истории стран Дальнего Востока исторического факультета.

В 1945 г. Е.М. Жуков одновременно заведовал иностранным отделом редакции «Известий», был заместителем редактора журнала «Новое время». В 1946-1949 гг. был редактором международного отдела «Правды».

4 декабря 1946 г. Е.М. Жуков был избран членом-корреспондентом Академии наук СССР по Отделению истории и философии, специальность - история Японии.

В том же году Е.М. Жуков работал в Токио в качестве заместителя политического советника советского представительства в Японии.

На рубеже 1940-х – 1950-х гг. Е.М. Жуков окончательно связал свою судьбу с Академией наук СССР. В 1950 г. в Москву из Ленинграда был переведен Институт востоковедения АН СССР, куда влился возглавляемый Е.М. Жуковым Тихоокеанский институт АН СССР. Е.М. Жуков становится заместителем директора Института востоковедения АН СССР (1950-1953).

Параллельно с Академией наук СССР на протяжении почти 20 лет Е.М. Жуков был связан с Академией общественных наук при ЦК КПСС, где с 1946 г. по 1980 г. руководил одной из кафедр.

В 1953-1957 гг. Е.М. Жуков занимал пост заместителя директора Института истории СССР и руководил сектором Института по подготовке десятитомной «Всемирной истории». Другой фундаментальной коллективной работой под руководством Е.М. Жукова стало издание 16-ти томов «Советской исторической энциклопедии» (с 1958 г.). Для подготовки обоих изданий Е.М. Жуковым как главным редактором были привлечены большие коллективы высококвалифицированных специалистов – историков, экономистов, философов, литературоведов, искусствоведов, что обеспечило большую популярность томов не только в нашей стране, но и за рубежом.

20 июня 1958 г. Е.М. Жуков был избран действительным членом Академии наук СССР по Отделению исторических наук, специальность - всеобщая история.

В том же 1958 г. Жуков был избран академиком-секретарем Отделения истории АН СССР. В дальнейшем пост академика-секретаря Е.М. Жуков занимал еще дважды: в 1963-1971 и в 1975-1980 гг.

В 1968 г. Е.М. Жуков возглавил Институт всеобщей истории АН СССР и оставался на этом посту до 1979 г.

Е.М. Жуков внес огромный вклад в организацию международных научных связей отечественных историков. По инициативе ученого и под его руководством делегация отечественных востоковедов после 30-летнего перерыва в 1956 г. приняла участие в XXIII Международном конгрессе востоковедов в Кембридже (Англия). Е.М. Жуков участвовал также в работе последующих, XXV (Москва, 1960) и XXVI (Дели, 1964), Международных конгрессов востоковедов, а также в XI (Стокгольм, 1960), XII (Вена, 1965), XIII (Москва, 1970), XIV (Сан-Франциско, 1975) Международных конгрессах исторических наук.

На Генеральной ассамблее Международного комитета исторических наук (МКИН) в 1972 г. Е.М. Жуков был избран президентом, после кончины избранного на этот пост академика А.А. Губера, и руководил работой по подготовке и проведению в августе 1975 г. Международного конгресса исторических наук в Сан-Франциско.

В 1971 г. Е.М. Жуков был избран председателем Научного совета по комплексной проблеме «Закономерности исторического развития общества и перехода от одной социально-экономической формации к другой» АН СССР.

С 1972 г. и до конца своих дней Е.М. Жуков возглавлял Национальный комитет историков Советского Союза.

Е.М. Жуков награжден орденами Трудового Красного Знамени (1945, 1957, 1967), орденом Октябрьской Революции (1971), орденом Ленина (1975) и медалями.

В 1979 г. Е.М. Жукову была присуждена золотая медаль имени Карла Маркса за труды по общественным наукам.

Е.М. Жуков был одним из основателей и первым председателем Всесоюзного добровольного общества любителей книги (1975).

Е.М. Жуков был избран членом Монгольской (1967), иностранным членом Болгарской (1970) и почетным членом Венгерской (1979) академий наук. Награжден орденом Кирилла и Мефодия 1-й степени (Болгария, 1973) и медалью «50 лет Монгольской народной революции» (1972).

Е.М. Жуков разработал ряд основных вопросов истории Японии, особенно в новое и новейшее время. Ему принадлежат работы по международным отношениям новейшего времени и колониальным проблемам, по общим методологическим вопросам истории, по проблемам периодизации истории.

Основные научные труды Е.М. Жукова: «История Японии» (1939), «Паназиатизм как идейное оружие японской экспансии» (1963), «Современная историческая наука и ленинизм» (в сб.: Ленин и современная наука. Кн. 1. М., 1970) и др.

В 1987 г. Е.М. Жуков посмертно был удостоен Государственной премии СССР.

Евгений Михайлович Жуков умер 9 марта 1980 г., похоронен на Новодевичьем кладбище.